Kisah Sukses - Prognosys Biosciences
Zmanda melindungi data bioteknologi
Data molekuler dalam jumlah besar merupakan inventaris penting untuk Prognosys Biosciences, sebuah perusahaan bioteknologi yang berbasis di La Jolla, CA. Data, yang dikumpulkan dari pengurut DNA, berada di server penyimpanan RAID yang memiliki sekitar 20TB ruang penyimpanan yang dapat digunakan.
“Data sangat penting bagi perusahaan, dan perlu dilindungi dari kegagalan peralatan dan risiko lainnya,” kata Dr. Mike Thompson, Ph.D., Prognosys.
Genom manusia memiliki tiga miliar pasangan basa. Urutan basa menentukan perbedaan di antara orang-orang, dan informasi tentang perbedaan ini digunakan untuk meningkatkan pengobatan dan untuk memahami pengaruh obat tertentu. Prognosys menggunakan sequencer yang disebut Illumina Genome Analyzer II, yang menghasilkan hasil penemuan dalam genomik, epigenomik, analisis ekspresi gen, dan interaksi asam nukleat protein. Setiap proses dari instrumen pengurutan menghasilkan hampir satu terabyte data. Setelah dikumpulkan, data mentah tidak berubah. Hasil data dinamis dari perhitungan yang dilakukan pada data mentah.
Pencadangan sumber terbuka masuk
Baru-baru ini, ketika Prognosys meningkatkan baik proyek internal maupun operasi layanan pengurutannya, menjadi jelas bahwa sistem pencadangan dan pemulihan yang solid diperlukan. Produk perangkat lunak pencadangan dan pemulihan kepemilikan serta perangkat lunak sumber terbuka Zmanda diteliti untuk pencadangan data sekuensing mentah yang tidak berubah dan data dinamis yang diperoleh dari analisis komputasi.
Faktor penentu dalam memilih Zmanda Perusahaan Amanda Perangkat lunak Server Cadangan dan Klien Solaris termasuk: harga (Server Cadangan Perusahaan Amanda 80 persen lebih murah daripada perangkat lunak berpemilik); kemampuan untuk mengenkripsi data pada klien atau server; aksesibilitas kode sumber terbuka; dan janji dukungan pelanggan.
“Kami memampatkan data sekitar 70 persen sebelum ditulis ke tape. Jika terjadi sesuatu pada perangkat lunak Zmanda dan kami tidak dapat menggunakannya, kami dapat menggunakan gzip biasa untuk membuka kompresi data, ”kata Thompson. “Zmanda menginstal perangkat lunak dari jarak jauh pada server cadangan dan server penyimpanan, mengujinya, dan memastikan kami merasa nyaman dengan produknya. Interaksi yang kami lakukan dengan mereka karena harganya tidak terkalahkan. ”
Selama instalasi, teknisi Zmanda membantu Prognosys mengatasi beberapa tantangan jaringan selain memungkinkan perusahaan untuk mencadangkan kumpulan data mentah dengan lebih efisien. Teknisi Zmanda membantu Prognosys meningkatkan bandwidth antara server cadangan dan server penyimpanan sehingga Prognosys dapat lebih efektif memanfaatkan kekuatan kemampuan penjadwalan cerdasnya, yang menjaga lalu lintas jaringan tetap rendah saat mesin mengumpulkan data.
“Pencadangan statis dari kumpulan data mentah adalah hal baru di Zmanda,” kata Thompson. “Mereka menulis skrip untuk mengotomatiskan pencadangan mereka dan tidak hanya memiliki pengetahuan tentang apa yang biasa mereka lakukan. Insinyur Zmanda berusaha keras untuk mengembangkan solusi yang berhasil untuk kami. ”
Zmanda menjinakkan data statis dan dinamis
Jaringan Prognosys Biosciences terdiri dari server dan klien Linux, Solaris, dan Mac OS X. Instrumen ilmiah terhubung ke klien Windows.
Komputasi terjadi pada server Linux, yang menganalisis data dari Illumina Genome Analyzer II dan menyelaraskan data sekuens terhadap genom manusia dan lainnya. Genome Analyzer II menghasilkan 50 juta pembacaan 36 basis per proses.
Dell PowerEdge 2950 berfungsi sebagai server cadangan. 2950 memiliki prosesor quad-core Xeon, kapasitas 1.5TB, dan Red Hat Enterprise Linux 5. Terhubung ke server penyimpanan RAID Sun Fire X4500 yang menjalankan Solaris, yang mencadangkan data setiap hari dan membuangnya saat penuh ke pita Dell PowerVault ML600 Perpustakaan.
Perpustakaan Dell memiliki 36 slot untuk kaset LTO 800GB. Data dinamis mengisi empat kaset yang didaur ulang dalam rotasi empat minggu. Kaset lain didedikasikan untuk cadangan data mentah. Setelah Prognosys menyelesaikan proses dengan Illumina Genome Analyzer II, Prognosys menulis data ke kaset. Kaset cadangan dikirim ke penyimpanan aman di luar lokasi.
Ukuran cadangan mingguan rata-rata untuk kumpulan data mentah adalah satu terabyte dan ukuran cadangan harian rata-rata untuk data dinamis adalah sekitar 500GB. Waktu rata-rata untuk pencadangan penuh mingguan ke rekaman adalah tujuh jam. Cadangan tambahan data dinamis ke disk rata-rata 2.5 jam.
Prognosys Biosciences memanfaatkan Zmanda untuk ketenangan pikiran
Sejak mengimplementasikan perangkat lunak Zmanda, Prognosys telah mampu meningkatkan operasi tanpa risiko kehilangan data. Solusi Amanda Enterprise memungkinkan Prognosys untuk mengembangkan lingkungannya dan terus menambahkan klien sesuai kebutuhan. Dalam waktu dekat, Prognosys berencana untuk menambahkan lebih banyak kapasitas komputasi dan mungkin lebih banyak server penyimpanan.
Prognosys telah mendukung sekitar 20TB sejak implementasi. Thompson juga telah menguji restorasi tersebut. Setelah data dibuang ke tape, tab pemulihan dipilih di Amanda Enterprise. Amanda Enterprise memiliki database yang berisi informasi tentang semua direktori dan file yang telah dicadangkan. Pengguna meminta pemulihan dari periode waktu tertentu dan Amanda Enterprise memberi tahu pengguna rekaman mana yang akan dimuat. Beban server telah meningkat seperti halnya bandwidth antara server dan klien.
“Hal lain yang sangat kami sukai dari perangkat lunak pencadangan Zmanda adalah bahwa ini adalah aplikasi Web,” kata Thompson. "Kami dapat memantau kemajuan pencadangan dari mesin mana pun di jaringan."
Selain itu, antarmuka aplikasi Web memungkinkan pencadangan dikelola oleh staf non-teknis. Ini merupakan nilai tambah bagi perusahaan tanpa administrator penyimpanan khusus.
Untuk perusahaan yang memproses data dalam jumlah besar, backup dan pemulihan yang tangguh dan dapat diandalkan dibutuhkan untuk sukses. Perusahaan dari berbagai pasar vertikal berhasil melindungi aset data mereka dengan solusi sumber terbuka yang gesit daripada perangkat lunak berpemilik yang mahal dan direkayasa secara berlebihan.